重庆市种畜场的前身系始建于1949年的留青园农场，场址位于巴县土桥乡西流沱（今巴南区李家沱街道西流沱）。1949年11月重庆解放后由政府接管，后历经巴县留青农场、重庆市农场、重庆市牧场等建制，于1963年2月由四川省农业厅正式命名为重庆市种畜场。1961年由重庆市人民政府确定为县团级单位，1963年由四川省人民委员会批准为事业单位，同时确立了畜禽良种示范养殖、繁育推广和保种选育科学研究的事业职责。2003年10月由重庆市编办确定为市农业局管理的处级事业单位，经费渠道为财政差额预算。1995年由重庆市农牧渔业局批准成立重庆市龙威畜牧有限公司，后更名为重庆华牧实业（集团）有限公司，与市种畜场合署办公。2011年12月市政府决定市种畜场与华牧公司整体划转到市农业投资集团有限公司，行政级别、事业职责、经费渠道不变。2015年6月，市种畜场与华牧公司实现主辅业务分离、资产分离、账务分离及办公场地分离，不再合署办公。同月，重庆市种畜场与2014年3月成立的华牧资产经营管理有限公司开始实行两块牌子、一套机构、合署办公。